本廟創建於清道光七年(西元一八二七年)主祀陰陽公，
創建廟址位於台南市東竹巷，約今公園國小南邊，日據時代明治三十二年(西元一八九九年)該區被徵收為郵局宿舍後，廟址往北遷移。之後另有二廟，一為原創建於道光四年主祀辜婦媽夫人的辜婦媽廟，以及原創於清道光十八年主祀法子公的興隆宮俗稱北門廟，兩廟於大正元年興建台南公園時被拆除，遷移至陰陽公廟附近。至大正十三年日本政府建花園小學時，三廟址同時又被徵收為校地，三廟合祀往西遷移(約在今公園國小前道路中)，同年因市區改正開闢道路(現今公園路)，又遭拆除。由當時管理人鄭成，發起境眾鳩款興建於公園路旁現址，光復後興隆宮法子公由大北門腳信徒迎回供奉。也為現在陰陽公廟祀陰陽公、辜婦媽一品夫人等神明的由來。

       融合了日據時代兩間廟宇的陰陽公廟因廟宇座落位置的左後方與鄰地王姓地主有一小部份土地爭議，經法院判決需拆屋還地，於民國九十五年遷移至公園路二二七號行宮後，進行拆屋還地後並預計原址重建，但拆屋後重建計劃延窖多年卻因故無法動工，直至民國一○一年，在主任委員李江河帶領下方得以動工興建，並於民國一○四年正月入火安座大吉，為現新廟貌。